En esta investigación se discute la actividad de patentamiento de la industria farmacéutica nacional, en particular se compara la dinámica de patentamiento de las empresas locales con respecto a las transnacionales, en el periodo de 1980-2006. En una industria basada en la ciencia y de fácil imitación -como es el caso de la industria farmacéutica-, la patente es la estrategia tecnológica natural de protección y, por ende, el medio de apropiación de los beneficios derivados de la innovación. Este trabajo pretende demostrar que un cambio drástico del sistema de patentes, puede generar dos efectos en un mismo sector: impulsar o destruir a un competidor de la carrera de patentes en función de las capacidades tecnológicas acumuladas, tal es el caso de la industria farmacéutica mexicana. Los resultados dan evidencia de la derrota de las empresas farmacéuticas mexicanas en relación a las transnacionales.